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    前面介紹的明視野、暗視野、相差體式顯微鏡都是用發(fā)自光源的可見光對樣品進行照明和成像，因此觀察到的是標(biāo)本直接的本色。而熒光顯微鏡觀察的物像是由樣品被激發(fā)后發(fā)出的熒光形成的，光源的作用僅僅是作為樣品熒光的橄發(fā)光，不進人目鏡用于物像的生成。

    某些物質(zhì)可以吸收輻射能而被滋發(fā)，并在稍后以波長較長的光能形式將所吸收的大部分能量釋放出來，這種波長長于激發(fā)光的可見光就是熒光。微生物細胞和細胞內(nèi)的某些物質(zhì)在紫外線或藍縈光的激發(fā)下會自發(fā)地產(chǎn)生熒光，可直接使用熒光體式顯微鏡進行觀察。而自身不產(chǎn)生熒光的標(biāo)本，則需經(jīng)熒光染料(熒光素)染色后再進行觀察。由于不同熒光索被滋發(fā)后的熒光波長范圍會有差異，因此同一樣品在需要的時候可以用兩種以上的熒光素標(biāo)記，從而在熒光體式顯微鏡下經(jīng)過一定波長的光激發(fā)后顯示不同的顏色，方便對樣品特定部位或成分的定位、定量觀察和分析。

    按照激發(fā)光光源光路與觀察標(biāo)本相對位置的不同，熒光體式顯微鏡可分為透射式和落射式兩種。透射式熒光顯微鏡的光源光線是通過聚光器穿過標(biāo)本材料來激發(fā)熒光，因此低倍鏡時熒光強，而隨故大倍數(shù)增加其熒光減弱，所以對觀察較大的標(biāo)本材料較好。此外，由于它的激發(fā)光束必須穿過載物玻片，為了減少滋發(fā)光線的損失，觀察時需使用價格昂貴的石英玻璃級玻片，也不能用于觀察非透明的被檢物體。與之相比，落射熒光體式顯微鏡的激發(fā)光路不經(jīng)過毅玻片而直接照射在標(biāo)本上，橄發(fā)光的損失小，熒光效應(yīng)離，還能對非透明的標(biāo)本進行觀察。目前透射式熒光體式顯微鏡已經(jīng)越來越少，大多數(shù)熒光顯微鏡都采用落射式進行熒光滋發(fā)。

    正置落射熒光體式顯微鏡的基本光路圖。其特點是光源通過物鏡落射于樣品，激發(fā)產(chǎn)生的熒光再通過物鏡進人目鏡，因此放大倍數(shù)越大熒光越強，視野照明均勻，成像清晰。光路中激發(fā)漣鏡的作用是濾掉來自高壓汞燈的雜光，僅讓特定波長的激發(fā)光透過。光路中的二分色鏡由鍍膜的光學(xué)玻璃制成，兼有透射長波光線和反射短波光線的功能，其鏡面方位與激發(fā)光和熒光的光軸交角均呈45℃，可將短波長的激發(fā)光向下反射，通過物鏡投射向載玻片上的標(biāo)本，激發(fā)釋放出的熒光通過物鏡，穿過二分色鏡和目鏡即可進行觀察。目鏡下方安下的阻斷濾鏡只允許特定波長的熒光通過，以保護觀察者的眼晌并降低視野亮度，由于每種熒光物質(zhì)都有一個產(chǎn)生最強熒光的激發(fā)光波長，被激發(fā)產(chǎn)生的熒光也具有專一性，因此在實際使用時阻斷旅鏡應(yīng)根據(jù)需要和激發(fā)濾鏡配合使用。換用不同的激發(fā)濾鏡/阻斷濾鏡的組合插塊，可滿足不同熒光反應(yīng)產(chǎn)物的需要。